新时代以来，我国高度重视智库建设，以及发挥智库在服务国家治理体系和治理能力现代化建设中的重要作用，提出加强中国特色新型智库建设。智库作为连接公共权力和知识理论的桥梁，是国家软实力的重要载体之一，在国家治理、社会政策制定和社会政治运行过程中发挥着越来越重要的作用。智库研究作为最重要的智库产品，集中体现了智库的能力和水平，是智库发挥影响力的关键载体。智库科学与工程系瞄准我国智库研究理论方法创新的战略需求，以智库理论方法为研究特色，旨在推动智库科学与工程学科形成和发展，开创中国特色智库学派。以智库理论方法创新为基础，促进智库理论研究、实证研究与决策实践相结合，为推进科学决策，建设中国特色新型智库提供支撑。以学科建设与决策服务为抓手，综合学术基础、智库共同体、决策服务渠道等多元资源，建设成为培养智库型人才的教育基地。
智库科学与工程系坚持以创建具有国际影响力的智库系和智库科学与工程学科为发展目标，重点领域覆盖包括：（1）基本问题域阐述学科的概念内涵、理论范式和知识逻辑；（2）规律问题域研究学科关键问题和知识生长机制；（3）治理问题域聚焦经济、社会、科技领域的治理方略研究；（4）方法平台域探索智库研究方法与技术支持系统的构建；（5）知识传播域探索智库共同体构建、智库交流与传播以及智库人才培养。
智库科学与工程系于2023年成立，由中国科学院学部科学规范与伦理研究支撑中心执行主任鲁晓研究员任系主任，依托战略咨询院国家高端智库试点建设，坚持问题导向、科学导向、证据导向，以多学科、多领域交叉为特色，贯通智库基础理论到方法论到支撑政策制定的全过程，提出智库科学与工程学科体系，实现学科、人才、智库“三位一体”发展。建系以来，智库科学与工程系通过承担中央和国家各部门交办任务，推动面向中国场景的智库实践与应用创新，在智库支撑宏观决策与政策制定等方面发挥积极作用。
